Kościelni hierarchowie chcą debaty o całości systemu finansowania Kościoła. Wokół tej sprawy narosło wiele mitów i nieporozumień. Sprzeczne i często nie do końca wiarygodne dane przedstawiają zarówno zwolennicy finansowania działalności duchownych z budżetu jak i przeciwnicy.
Kłamstwo zarzuca Ewa Rychlik przewodniczącemu Konferencji Episkopatu Polski abp Józefowi Michalikowi. Dziennikarka przytacza słowa hierarchy, który stwierdził, że Fundusz Kościelny nie jest przywilejem, a "Obowiązkiem moralnym jest dochodzenie tego, co zostało zabrane czy też skradzione" . Rychlik konstatuje "Otóż tak się składa, że stwierdzenie to byłoby prawdą gdyby kiedykolwiek dokonano inwentaryzacji owych zabranych dóbr. Tak się jednak nie stało, ale też nikomu z hierarchów na tym specjalnie nie zależało, bo wtedy przypływ pieniędzy do kościelnej kasy mógłby się okazać mniejszy niż jest obecnie".
Ale jest też druga strona medalu. W sprawozdaniu na zakończenie działania Komisji Majątkowej roi się od błędów. Strona kościelna zarzuca, że błędnie uznano za wypłacone 20 miliardów złotych. Nie dość, że państwo nigdy tych pieniędzy nie przekazało, to jeszcze zapomniano je przeliczyć po denominacji, więc ziemia warta jest nie 20 mld zł a 2 miliony. Ks. prof. Dariusz Walencik, prawnik z Uniwersytetu Opolskiego szacuje, że dotychczas oddano 1/3 przejętego przez komunistyczne władze majątku.
Poza 90 mln złotych, które państwo przekazuje na Fundusz, na rzecz Kościoła z budżetu trafia około 500 mln zł na działalność prospołeczną. Jest ona realizowana przez Caritas oraz przez klasztory i organizacje działające przy parafiach. Jak podają duchowni ta pomoc dla potrzebujących wyceniana kilka miliardów rocznie, możliwa jest głównie dzięki datkom wiernych.
Kościół stara się też przedstawiać szczegółowe dane o dochodach księży. Od 800 do 5500 zł wynoszą zarobki księży z pracy w parafiach. Dodatkowo część z nich dorabia jako nauczyciele religii. Autorzy raportu Katolickiej Agencji Informacyjnej konstatują, że średnio zarabiają mniej, niż wynosi średnia krajowa.
Na analizę KAI powołuje się też Ewa Czaczkowska w dzisiejszej "Rzeczpospolitej", która przytacza zawarte w niej dane przychylne stanowisku polskich duchownych. Z tego zestawienia wynika, że w Europie stopień finansowania instytucji kościelnych przez państwo jest znacznie wyższy niż w Polsce. We wszystkich krajach Unii religia jest finansowana z budżetu. Podobnie jest ze szkołami wyznaniowymi, których działanie w całości pokrywane jest z budżetu na Słowacji, w Irlandii czy Wielkiej Brytanii. Hierarchowie przypominają też, że w wielu państwach Kościół nie musi płacić podatków od działalności gospodarczej czy od darowizn. Na Słowacji, w Czechach, Grecji, Belgii, Danii czy na Węgrzech państwo finansuje wynagrodzenia części lub wszystkich duchownych.