Rafał Trzaskowski w 2004 zdobył doktorat na Uniwersytecie Warszawskim, w Instytucie Stosunków Międzynarodowych na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych. W latach 1991-1996 studiował także na Wydziale Filologii Angielskiej.
W 2002 uzyskał stypendium Instytutu Unii Europejskiej ds. Badań nad Bezpieczeństwem w Paryżu, a w 1996 – Uniwersytetu w Oxfordzie. Uczył się także w Stanach Zjednoczonych (Cranbrook-Kingswood High School) oraz w Australii (Marcellin College w Sydney).