Witold Waszczykowski ma dorosłe dzieci – syna i 20-letnie bliźniaki (córka i syn). Jego rodzice byli urzędnikami – mama była księgową, zaś ojciec pracował w służbach skarbowych. Jego brat Tomasz dwa lata temu
został dyrektorem Urzędu Kontroli Skarbowej w Łodzi. Polityk, tak jak i większość jego rodziny, jest mocno związany właśnie z Łodzią. – Tam skończyłem szkoły, uniwersytet, tam zakładałem rodzinę. Nawet po przeprowadzce do Warszawy w latach 90. utrzymuję kontakt z Łodzią, mieszka tam większość mojej rodziny, bywam tam bardzo często, jest to moje miasto, prawie że rodzinne – powiedział Waszczykowski w czasie, gdy bez powodzenia ubiegał się o fotel prezydenta tego miasta w 2010 roku.