Papież Franciszek zasugerował, że Jan Paweł II wiedział o nadużyciach seksualnych i ekonomicznych w kontemplacyjnym zakonie sióstr ze wspólnoty św. Jana we Francji. Dowody miał mu pokazać Joseph Ratzinger, papież Polak jednak – według Franciszka – nakazał mu odłożenie sprawy do archiwum.
Skandal dotyczył nieżyjącego założyciela wspólnoty, dominikanina Marie-Dominique-a Philippe'a OP. – Miał wszystkie papiery, dotyczące organizacji religijnej, w której dochodziło do korupcji seksualnej i ekonomicznej. Próbował o tym rozmawiać, ale napotkał przeszkody, nie mógł się tam dostać. W końcu papież [Jan Paweł II], chcąc poznać prawdę, zwołał spotkanie i Joseph Ratzinger poszedł tam z teczką ze wszystkimi dokumentami – mówił papież Franciszek.
O nadużyciach miał wiedzieć Jan Paweł II, ponieważ Ratzinger go o tym informował. Mimo tego sprawę przekazano do archiwum. Za pontyfikatu Benedykta XVI (już po śmierci Jana Pawła II) śledztwo wykazało, że dominikanin molestował seksualnie zakonnice we wspólnocie i wykorzystywał je ekonomicznie. W 2013 roku Benedykt XVI rozwiązał wspólnotę.
Na bezprecedensowe zachowanie papieża zwrócił uwagę katolicki publicysta Tomasz Terlikowski. Jego zdaniem Franciszek musiał wiedzieć, że w ten sposób niszczy autorytet papieża z Polski. Terlikowski podkreśla, że Franciszek wcześniej Karola Wojtyłę kanonizował.
Papież Franciszek nie kończy na deklaracjach w sprawie seksualnych nadużyć. Wystarczy przypomnieć tylko sprawę pedofilii wśród księży w Chile. W bardzo stanowczy sposób potępił ukrywanie tego procederu w chilijskim Kościele. W wyniku oskarżeń wszystkich 24 członków episkopatu zaproponowało swoje odejście.
"Chcemy ogłosić, że my wszyscy biskupi obecni w Rzymie złożyliśmy na piśmie rezygnację z naszych urzędów na ręce Ojca Świętego po to, aby mając pełną wolność podjął decyzję w sprawie każdego z nas" – poinformowali biskupi z Chile w oświadczeniu.