Portugalscy śledczy wysnuli teorię, według której dziecko zginęło w wyniku nieszczęśliwego wypadku, a rodzice – chcą uniknąć odpowiedzialności – wymyślili "porwanie". Brak jednak dowodów na potwierdzenie tej tezy. W samochodzie, który wynajęli na czas wakacji, znaleziono ślady krwi. Jednak badania nie dały jednoznacznej odpowiedzi na pytanie, czy na pewno należała ona do Madeleine.
Amerykański naukowiec dr Mark Perlin wskazuje na niedoskonałość badań DNA, jakie przeprowadzano przed dwunastu laty. Oferuje swoją pomoc, chciałby jeszcze raz przebadać ślady pozostawione w samochodzie nowoczesną metodą TrueAllele. Twierdzi, że technika poszła naprzód i dziś wynik może być o wiele dokładniejszy niż kiedyś.