Ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski odniósł się do dokumentu telewizji TVN. Z relacji wynika, że nie ma on wątpliwości, co do prawdziwości przedstawionych informacji, szczególnie dotyczącej relacji ofiar. Skomentował on także stosunek Karola Wojtyły do przestępstw pedofilskich popełnianych przez duchownych.
Ks. Isakowicz Zaleski ocenił, że "kardynał Wojtyła pobłądził". Jak podkreślił, to jednak nie tylko kwestia tego, jakie podejmował decyzje.
– Pobłądził nie z powodu złej woli czy chęci zakłamywania rzeczywistości. Po prostu źle ocenił całą sytuację. Ale to już jest kwestia dalszych badań, bo pamiętajmy przecież, że istnieją nie tylko archiwa IPN, ale również archiwa kościelne, które wciąż pozostają zamknięte. Dopiero korzystając z obu tych zasobów, moglibyśmy pewne kwestie porównać i starać się ustalić w miarę niepodważalne fakty – powiedział duchowny, komentując dla Fronda.pl reportaż "Franciszkańska 3".
Duchowny odniósł się również do działań, które mógł podjąć kard. Wojtyła wobec księży-pedofilów, a mimo to nic nie zrobił:
– To, czego jednak ewidentnie mi zabrakło w działaniach i postawie kard. Wojtyły to tego zmierzenia się z faktem, że księża Surgent czy Saduś skrzywdzili konkretne osoby. A kościół krakowski, którym abp Karol Wojtyła wówczas kierował, nie podjął niestety jakichkolwiek działań, żeby do tych osób trafić czy wykazać jakąkolwiek troskę w stosunku do nich. Nie stało się to nawet wówczas, gdy po 1990 roku opresyjnego reżimu komunistycznego już w Polsce przy władzy nie było – wyjaśnił ks. Isakowicz-Zaleski.
W rozmowie ks. Isakowicz-Zaleski wskazał, że sam uczestniczył w reportażach Marcina Gutowskiego. W tym nie udało mu się wziąć udziału, bo nie pozwoliły mu na to problemy zdrowotne. Jednocześnie zaznaczył, że choć brakowało mu historycznego głosu ekspertów, którzy najlepiej wiedzą jak niewygodny dla UB był Karol Wojtyła, pochwalił Gutowskiego za dotarcie do ofiar.
– (...)Było dla mnie ogromnym zaskoczeniem, że p. Gutowski dotarł do ofiar. Po prostu udało mu się to zrobić. I powstaje tu od razu kluczowe pytanie: dlaczego do tych samych ofiar nie potrafił dotrzeć Kościół? – powiedział podczas rozmowy z portalem.
Ks. Isakowicz-Zaleski przy okazji informacji o konieczności wyczyszczenia sytuacji wspomniał o zamkniętych archiwach kościelnych. To właśnie tam, na co również wskazuje w filmie Gutowski, jest najwięcej odpowiedzi na pytania, które mogą dogłębnie pokazać, gdzie w tej sprawie leży prawda.
Duchowny odniósł się także do utrudniania mu pracy przez kard. Stanisława Dziwisza, który chciał zablokować publikację jego książki.
– Przeżyłem (...) niestety ogromne rozczarowanie, kiedy w 2006 roku przystąpiłem do pisania książki 'Księża wobec bezpieki' a najbliższy współpracownik Jana Pawła II, kardynał Stanisław Dziwisz, starał się za wszelką cenę tę publikację zablokować – powiedział ks. Isakowicz-Zaleski.
O Dziwiszu wspomniał także w innym kontekście, jako osoby, od której zależy wyjaśnianie skandali kościelnych.
Jak powiedział, "nie da się tych tragicznych spraw rozwiązać tylko i wyłącznie za pomocą werbalnych deklaracji kard. Dziwisza, który będzie usiłował wszystkich przekonywać, że nic nie pamięta. Przecież tego typu postępowanie rzuca jeszcze gorsze światło na całą tę kwestię, bo rodzi domysły, że najbliżsi współpracownicy Jana Pawła II brali udział w matactwach oraz tuszowaniu afer i skandali."