Plany budowy kościoła budzą kontrowersje od czasu, gdy Paweł Adamowicz, prezydent
Gdańska przekazał archidiecezji teren pod jego budowę za symboliczną złotówkę. Później abp Głódź nie zatwierdził wyłonionego w konkursie projektu, bo według niego nie przewidział on niezbędnego "sacrum". I doszedł do wniosku, że sam pokryje koszt jego budowy. Wybrał projekt Wiesława Kupścia, który przewidywał 30-metrową wieżę. Później stwierdzono, że powinna ona liczyć aż 40 metrów, co wywołało falę skarg gdańszczan.