Kontrowersje budzi skuteczność szczepionek na grypę. Obecna wiedza medyczna daje podstawy do stwierdzenia, że nie zawsze jest ona w 100% skuteczna, ale z pewnością znacznie zmniejsza ryzyko zachorowania na grypę. Najmniejsza skuteczność szczepionki na grypę występuje u ludzi w podeszłym wieku, którzy są najbardziej narażeni na grypę. Istnieje wiele przyczyn tego spadku skuteczności, ale wynika on przede wszystkim z osłabienia funkcji układu immunologicznego. Według przeglądu
Cochrane z 2008 szczepionki przeciw grypie są skuteczne u zdrowych dzieci w wieku od dwóch lat, natomiast dostępnych jest niewiele danych na temat skuteczności u dzieci poniżej dwóch lat. W przeglądzie
Cochrane z 2007 wykazano z kolei, że chociaż szczepionki przeciw grypie u zdrowych dorosłych są skuteczne względem szczepów, przed którymi mają chronić, to ma to niewielki wpływ na utracone dni robocze z powodu infekcji grypopodobnych.