Informując w kwietniu ub.r. o zamiarze połączenia placówek resort wyjaśniał, że celem tej zmiany jest „optymalne wykorzystanie potencjału placówek o zbliżonym profilu działalności zlokalizowanych w Gdańsku, przy optymalizacji wydatkowania środków finansowych pochodzących z budżetu państwa”.
Dyskusje i kontrowersje w sprawie połączenia muzeów trwają od kwietnia ubiegłego roku. We wrześniu 2016 na stronie internetowej Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego zamieściło informację, że obie placówki staną się jedną.