Głównym powodem ZUM jest utrudniony odpływ moczu, który może wynikać z wad anatomicznych oraz – co bardzo ważne – ze zbyt małej ilości oddawanego moczu. Drobnoustroje łatwiej wnikają do dróg moczowych ze środowiska zewnętrznego – powodując stan zapalny, a tym samym problemy ze
zdrowiem.
Zapalenie układu moczowego najczęściej dotyka kobiety ze względu na:
1. fakt, że rezerwuarem mikroorganizmów u kobiet jest przedsionek pochwy,
2. bliskie sąsiedztwo cewki moczowej i odbytu, co zwiększa ryzyko przenoszenia bakterii szczególnie przy niewłaściwej higienie,
3. pojawianie się mechanicznych uszkodzeń nabłonka dróg moczowych w czasie kontaktów seksualnych,
4. krótszą niż u mężczyzn budowę cewki moczowej.